Největším problémem spojeným s výběrem daně z nemovitých věcí, daně z nabytí nemovitých věcí, daně dědické a daně darovací je vysoký objem nedoplatků. Vyplývá to ze zprávy Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ), který zkontroloval Generální finanční ředitelství a vybrané finanční úřady.  Podle ředitelství vymáhá finanční správa nedoplatky v souladu s právními předpisy a na dlužníky v žádném případě nerezignuje.

Finanční úřady vybraly v letech 2012 až 2014 na majetkových daních téměř 59 miliard korun. Jen v roce 2014 z nich inkasovaly 19,3 miliardy korun, přičemž ke konci téhož roku nedoplatky na těchto daních dosáhly 3,4 miliardy korun.

Největší podíl na těchto nedoplatcích má daň z nabytí nemovitých věcí. V roce 2014 stát z této daně získal téměř 9,3 miliardy korun, nedoplatky ale ke konci stejného roku přesáhly 2,3 miliardy korun.

Podle mluvčí Generálního finančního ředitelství Petry Petlachové obsahuje ale zpráva NKÚ nepřesnosti. Upozornila, že největší podíl na nedoplatcích, 2,3 miliardy korun, činí daň z převodu nemovitostí a jde o kumulované nedoplatky od roku 1993. Nedoplatky na dani z nabytí nemovitých věcí činily na konci roku 2014 148 milionů korun, upřesnila Petlachová.

"Vymáhání nedoplatků z majetkových daní významně ovlivňuje vysoký počet bagatelních nedoplatků do pěti tisíc korun," uvedl NKÚ. Úřad zjistil, že na konci roku 2014 kontrolované finanční úřady evidovaly přes 105 tisíc nedoplatků, ze kterých více než tři čtvrtiny tvořily právě bagatelní nedoplatky. Z celkových nedoplatků v hodnotě 1,7 miliardy korun představují čtyři procenta.

Finanční správa na dlužníky s bagatelními nedoplatky v žádném případě nerezignuje, uvedla v reakci mluvčí ředitelství. Ekonomická realita si ale podle Petlachové vynutila zaměření značné kapacity pracovníků finanční správy na vymáhání velkých strategických nedoplatků, vzniklých nekalými obchodními praktikami, karuselovými obchody na DPH, či "běžnými daňovými podvody". Dodala, že vymáhání malých nedoplatků se řídí stejnými zákonnými postupy jako u nedoplatků velkých, tedy že pracností se prakticky neliší.

Podle NKÚ bude jejich vymáhání složité i v budoucnu, protože Generální finanční ředitelství od loňského listopadu prodloužilo lhůtu pro jejich vymáhání. V krajních případech je tak úřady mohou začít vymáhat až 33 měsíců poté, co vznikly.

Kontrola také ukázala, že stát vybírá majetkové daně v porovnání s ostatními daněmi s třikrát menší efektivitou. V roce 2014 finanční správa za jednu korunu výdajů na výběr těchto daní inkasovala necelých 25 korun. U ostatních daní přitom za stejnou korunu vybrala zhruba třikrát více. "Tento výsledek ovlivňuje zejména výše těchto daní či míra osvobození od daní," míní úředníci. Podle Petlachové s nízkými sazbami daně následně souvisí právě i počet tzv. bagatelních nedoplatků do 5000 korun.

Podle NKÚ finanční správa spravovala majetkové daně bez zásadních pochybení. Podmínky pro výběr těchto daní se výrazně zlepšily po zavedení systému umožňujícího automatickou výměnu informací mezi finančními a katastrálními úřady.

Příjmy z majetkových daní představovaly v roce 2013 podle OECD 1,38 procenta příjmů ze všech vybraných daní. Ve srovnání s 21 státy Evropské unie je v Česku podíl příjmů z majetkových daní na celkových vybraných daních druhý nejnižší.